```{r rmd, include=FALSE}
# Este documento permite crear un informe empleando Markdown y `R`.
# Markdown permite la creación de páginas web (y muchos otros tipos de documentos) a partir de 
# archivos de texto de forma muy sencilla (tiene unas reglas sintácticas muy simples) y rápida.
# R-Markdown es recomendable para difundir análisis realizados con `R` en distintos formatos.
# Para más detalles ver <http://rmarkdown.rstudio.com> o 
# <https://rubenfcasal.github.io/bookdown_intro/rmarkdown.html>.
#
# Este informe puede ser creado (y mostrado) con el siguiente comando:
# browseURL(url = rmarkdown::render('COVID-19-tablas.Rmd'))
# En RStudio es suficiente con pulsar el botón 'Knit' de la barra de herramientas.
```

Nota: El código puede ser de utilidad para entender como trabajar con estos datos, 
pulsar en [Code] para mostrar (este informe fué generado a partir de [COVID-19-tablas.Rmd](COVID-19-tablas.Rmd)).
Más detalles en la [web del repositorio](https://rubenfcasal.github.io/COVID-19).

## Tabla de evolución diaria de casos por CCAA (datos ISCIII) {#isciii}

```{r class.source="fold-show", results = "asis"}
load("acumulados.RData")
cat("\n", attr(acumulados, "note"), "\n\n Web:", attr(acumulados, "url"))
```

***NOTA***: Los datos de las CCAA están en continua revisión y puede haber cambios en valores anteriores (ya los hubo, debidos a procesos de depuración de datos y a la actualización de los valores reportados por algunas CCAA).
Sospechamos también que otras CCAA han reportado/reportan datos de UCI de  prevalencia, aunque no se ha informado. 


NOTA: La siguiente tabla fué generada con la función `datatable()` del paquete [DT](https://rstudio.github.io/DT).
Por defecto se muestran las primeras filas, pulsar en el índice de páginas (inferior) para cambiar. Se puede ordenar por una columna pulsando en las flechas al lado derecho de su nombre. Se pueden buscar valores (cuadro de búsqueda, en la parte superior derecha) y filtrar los valores (pulsar en el cuadro de filtro debajo del nombre de cada variable).


```{r }
library(DT)

datatable(acumulados, filter = 'top', options = list(
  pageLength = 19, autoWidth = TRUE
))
```


## Tabla por edad y sexo {#edadsexo}

Como no paran de cambiar el contenido y el formato de las tablas del informe del *Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social* (MSCBS), desde el ***2020-04-23 no se actualizan*** estos datos en este repositorio.

```{r results = "asis"}
load("edadsexo.RData")
date <- attr(edadsexo, "date")
file <- attr(edadsexo, "file")

cat("\n\n Fecha informe:", date, "\n\n File: [", file, "](", file, ")")
```

La tabla contiene los datos consolidados a las 21:00 horas del día anterior a la fecha del informe. 

```{r message=FALSE, warning=FALSE}
datatable(edadsexo, filter = 'top', options = list(
  pageLength = 11, autoWidth = TRUE
))
```



## Tablas por CCAA (Informe MSCBS) {#mscbs}

Como no paran de cambiar el contenido y el formato de las tablas del informe del *Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social* (MSCBS), desde el ***2020-04-23 no se actualizan*** estos datos en este repositorio.

La tabla contiene los datos consolidados a las 21:00 horas del día anterior a la fecha del informe. 

```{r results = "asis"}
load("COVID-19.RData")
# "files"  "tables"
library(tibble)

ilast <- length(tables)
tabla <- as_tibble(tables[[ilast]], rownames = "CCAA")

cat("\n\n Fecha informe:", names(tables)[ilast], 
    "\n\n File: [", files[ilast], "](", files[ilast], ")")
```

### Tabla 1

```{r }
datatable(tabla[, 1:8], filter = 'top', options = list(
  pageLength = 20, autoWidth = TRUE
))
```

### Tabla 2

```{r }
datatable(tabla[, -(2:8)], filter = 'top', options = list(
  pageLength = 20, autoWidth = TRUE
))
```

***NOTA***: Los datos de hospitalización de Madrid (MD) y los de UCI de Madrid (MD), Castilla y León (CL) y  Galicia (GA), son datos de prevalencia (personas ingresadas en la correspondiente fecha). No reflejan el total de personas que han sido hospitalizadas o ingresadas en UCI a lo largo del periodo de notificación (al contrario que el resto). 

Por estos motivos en el informe del MSCBS no se calcula el total de España de hospitalizados y UCI, sin embargo en esta tabla se recalculó para mantener la compatibilidad (aunque solo es de utilidad como una "medida" de la evolución global, mientras no proporcionan los valores "reales").

Los casos confirmados no provienen de la suma de pacientes hospitalizados, curados y fallecidos, ya que no son excluyentes. Pacientes fallecidos y curados pueden haber precisado hospitalización y por tanto computar en ambos grupos. Los pacientes que han precisado UCI también computan en los pacientes que han requerido hospitalización.

En [COVID-19-MSCBS.html](COVID-19-MSCBS.html) se muestran las tablas anteriores por fecha del informe.
No obstante, teniendo en cuenta los comentarios anteriores, **para valores históricos es preferible recurrir a los datos acumulados del ISCIII**.