Introducción

Markdown permite la creación de páginas web a partir de documentos de texto de forma muy sencilla y rápida (tiene unas reglas sintácticas muy simples). Este documento se ha generado empleando Markdown y R. R-Markdown es recomendable para difundir análisis realizados con R en formato HTML, PDF y DOCX (Word), entre otros. Para más detalles ver http://rmarkdown.rstudio.com.

También se dispone de información en la ayuda de RStudio:

• Help > Markdown Quick Reference

• Help > Cheatsheets > R Markdown Cheat Sheet

• Help > Cheatsheets > R Markdown Reference Guide

Al renderizar un fichero rmarkdown se generará un documento que incluye el código R y los resultados incrustados en el documento. En RStudio basta con hacer clic en el botón Knit HTML. En R se puede emplear la funcion render del paquete rmarkdown (por ejemplo: render("8-Informes.Rmd")). También se puede abrir directamente el informe generado:

library(rmarkdown)
browseURL(url = render("8-Informes.Rmd"))

Inclusión de código R

Se puede incluir código R entre los delimitadores ```{r} y ```. Por defecto, se mostrará el código, se evaluará y se mostrarán los resultados justo a continuación:

head(mtcars[1:3])

   #                     mpg cyl disp
   #  Mazda RX4         21.0   6  160
   #  Mazda RX4 Wag     21.0   6  160
   #  Datsun 710        22.8   4  108
   #  Hornet 4 Drive    21.4   6  258
   #  Hornet Sportabout 18.7   8  360
   #  Valiant           18.1   6  225

summary(mtcars[1:3])

   #        mpg             cyl             disp      
   #   Min.   :10.40   Min.   :4.000   Min.   : 71.1  
   #   1st Qu.:15.43   1st Qu.:4.000   1st Qu.:120.8  
   #   Median :19.20   Median :6.000   Median :196.3  
   #   Mean   :20.09   Mean   :6.188   Mean   :230.7  
   #   3rd Qu.:22.80   3rd Qu.:8.000   3rd Qu.:326.0  
   #   Max.   :33.90   Max.   :8.000   Max.   :472.0

En RStudio pulsando “Ctrl + Alt + I” o en el icono correspondiente se incluye un trozo de código.

Se puede incluir código en línea empleando `r código`, por ejemplo `r 2 + 2` produce 4.

Inclusión de gráficos

Se pueden generar gráficos:

Los trozos de código pueden tener nombre y opciones, se establecen en la cabecera de la forma ```{r nombre, op1, op2} (en el caso anterior no se muestra el código, al haber empleado ```{r, echo=FALSE}). Para un listado de las opciones disponibles ver http://yihui.name/knitr/options.

En RStudio se puede pulsar en los iconos a la derecha del chunk para establecer opciones, ejecutar todo el código anterior o sólo el correspondiente trozo.

Inclusión de tablas

Las tablas en markdown son de la forma:

| First Header  | Second Header |
| ------------- | ------------- |
| Row1 Cell1    | Row1 Cell2    |
| Row2 Cell1    | Row2 Cell2    |

Por ejemplo:

Para convertir resultados de R en tablas de una forma simple se puede emplear la función ktable del paquete knitr:

knitr::kable(
  head(mtcars), 
  caption = "Una kable knitr"
)

Otros paquetes proporcionan opciones adicionales: xtable, stargazer, pander, tables y ascii.

Extracción del código R

Para generar un fichero con el código R se puede emplear la función purl del paquete knitr. Por ejemplo:

purl("8-Informes.Rmd")

Si se quiere además el texto rmarkdown como comentarios tipo spin, se puede emplear:

purl("8-Informes.Rmd", documentation = 2)