Asistente de instalación

Durante el proceso de instalación la recomendación (para evitar posibles problemas) es seleccionar ventanas simples SDI en lugar de múltiples ventanas MDI (hay que utilizar Opciones de configuración).

Una vez terminada la instalación, al abrir R aparece la ventana de la consola (simula una ventana de comandos de Unix) que permite ejecutar comandos de R.

Por defecto se instalan un conjunto de paquetes base de R (que se cargan automáticamente al iniciarlo) y un conjunto de paquetes recomendados (que se pueden cargar empleando el comando library()), pero hay disponibles miles de paquetes que cubren literalmente todos los campos del análisis de datos. Ver por ejemplo:

• CRAN: Packages

• CRAN: Task Views

Instalación de paquetes

Después de la instalación de R suele ser necesario instalar paquetes adicionales (puede ser recomendable Ejecutar como administrador R para evitar problemas de permiso de escritura en la carpeta C:\Program Files\R\R-X.Y.Z\library, o cambiar previamente los permisos de esta carpeta como se indica aquí).

El paquete que recomendaría instalar a un usuario que se está iniciando en R es¹ Rcmdr (un entorno gráfico), junto con sus dependencias (de esta forma cubriríamos las herramientas necesarias para los análisis más habituales con R).

Para ello bastaría con ejecutar en la consola de R (copiando y pegando p.e.) el comando:

install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)

(puede que haya que seleccionar el repositorio de descarga, e.g. Spain (Madrid)).

La forma tradicional es esta:

1. Se inicia R y se selecciona Paquetes > Instalar paquetes

2. Se selecciona el repositorio.

3. Se selecciona el paquete y automáticamente se instala.

El problema con esta forma es que no se instalan todos los paquetes de los que dependen (el Rcmdr lo hace automáticamente al iniciarlo por primera vez con el comando library(Rcmdr)).

En el caso de un usuario más avanzado, puede ser recomendable preparar un listado de todos los paquetes que se requieren y ejecutar un código de la forma:

pkgs <- c("Rcmdr", "caret", "tidymodels", "tidyverse", "remotes", "devtools",
          "sf", "gstat", "geoR", "quadprog", "DEoptim", "spam", "openxlsx",
	        "knitr", "bookdown", "blogdown", "pkgdown")
install.packages(setdiff(pkgs, installed.packages()[,"Package"]), dependencies = TRUE)

El código anterior no reinstala los paquetes ya instalados, por lo que podrían aparecer problemas debidos a incompatibilidades entre versiones (aunque no suele ocurrir, salvo que nuestra instalación de R esté muy desactualizada). Si es el caso, en lugar de la última línea se puede ejecutar:

install.packages(pkgs, dependencies = TRUE) # Instala todos...

Listados de paquetes recomendables:

• RStudio: Quick list of useful R packages

• Great R packages for data import, wrangling and visualization

NOTA: Yo prefiero instalar nuevas versiones de R siguiendo los pasos anteriores, pero otra alternativa es emplear installr::updateR().

Instalación (opcional) de un entorno de desarrollo o un editor de comandos

Aunque la consola de R dispone de un editor básico de código (script), puede ser recomendable trabajar con un editor de comandos más cómodo y flexible.

Un entorno de desarrollo (integrated development environment, IDE) muy recomendable es RStudio, que se puede instalar siguiendo los pasos en este post.

Otras alternativas son:

• Positron: A next-generation data science IDE built by Posit (versión beta para pruebas)

• Tinn-R: GUI for R Language and Environment

• NppToR: R in Notepad++ (requiere Notepad++)

• Emacs con ESS: Emacs Speaks Statistics)

• Eclipse

• Microsoft Visual Studio

Configuración avanzada (opcional)

Cambiar los permisos de la carpeta library

Para evitar problemas con la instalación de paquetes en Windows (y evitar también que los paquetes se instalen en Documentos\R\win-library\X.Y) yo acostumbro a dar permiso de control total a los usuarios del equipo en el subdirectorio library de la instalación de R. Para ello, pulsar con el botón derecho en esta carpeta (e.g. C:\Program Files\R\R-4.4.2\library), seleccionar Propiedades > Seguridad > Editar, seleccionar los Usuarios del equipo, marcar Control total y Aplicar.

Instalación de R desde CRAN

Añadir la llave de firma GPG, añadir el repositorio CRAN a la lista de fuentes (para ver la versión de ubuntu se puede ejecutar lsb_release -a, el siguiente código ya la obtiene directamente) e instalar R:

# Cambiar a root (alternativamente añadir `sudo` al principio de los comandos)
sudo -i
# update indices
apt update -qq
# install two helper packages we need
apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc 
# Fingerprint: 298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
apt-get update
apt-get install r-base r-base-dev
logout

Instalación de devtools y demás paquetes

Ejecutar R en modo administrador para que los paquetes que se instalen estén disponibles para todos los usuarios

sudo -i R

Ejecutar en la consola de R

install.packages('devtools', dependencies = TRUE)

Si aparecen problemas mirar stackoverflow - Problems installing the devtools package

Ayuda html

Si queremos la ayuda html (en un entorno gráfico con un navegador web instalado):

echo "options(help_type='html')" | sudo tee -a /etc/R/Rprofile.site

Actualizar R

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

Instalar R-Studio

Si se dispone de un entorno gráfico se pueden seguir los pasos en este post para instalar R-Studio Desktop. En caso contrario puede ser recomendable instalar R-Studio Server como se describe en este post.