12.1 R Markdown
R-Markdown es recomendable para difundir análisis realizados con R en formato HTML, PDF y DOCX (Word), entre otros.
12.1.1 Introducción
R-Markdown permite combinar Markdown con R. Markdown se diseñó inicialmente para la creación de páginas web a partir de documentos de texto de forma muy sencilla y rápida (tiene unas reglas sintácticas muy simples). Actualmente gracias a múltiples herramientas como pandoc permite generar múltiples tipos de documentos (incluido LaTeX; ver Pandoc Markdown)
Para más detalles ver http://rmarkdown.rstudio.com.
También se dispone de información en la ayuda de RStudio:
Help > Markdown Quick Reference
Help > Cheatsheets > R Markdown Cheat Sheet
Help > Cheatsheets > R Markdown Reference Guide
Al renderizar un fichero rmarkdown se generará un documento que incluye el código R
y los resultados incrustados en el documento.
En RStudio basta con hacer clic en el botón Knit HTML.
En R se puede emplear la funcion render del paquete rmarkdown
(por ejemplo: render("8-Informes.Rmd")).
También se puede abrir directamente el informe generado:
library(rmarkdown)
browseURL(url = render("8-Informes.Rmd"))12.1.2 Inclusión de código R
Se puede incluir código R entre los delimitadores ```{r} y ```. Por defecto, se mostrará el código, se evaluará y se mostrarán los resultados justo a continuación:
head(mtcars[1:3])## mpg cyl disp
## Mazda RX4 21.0 6 160
## Mazda RX4 Wag 21.0 6 160
## Datsun 710 22.8 4 108
## Hornet 4 Drive 21.4 6 258
## Hornet Sportabout 18.7 8 360
## Valiant 18.1 6 225summary(mtcars[1:3])## mpg cyl disp
## Min. :10.40 Min. :4.000 Min. : 71.1
## 1st Qu.:15.43 1st Qu.:4.000 1st Qu.:120.8
## Median :19.20 Median :6.000 Median :196.3
## Mean :20.09 Mean :6.188 Mean :230.7
## 3rd Qu.:22.80 3rd Qu.:8.000 3rd Qu.:326.0
## Max. :33.90 Max. :8.000 Max. :472.0En RStudio pulsando “Ctrl + Alt + I” o en el icono correspondiente se incluye un trozo de código.
Se puede incluir código en línea empleando `r código`,
por ejemplo `r 2 + 2` produce 4.
12.1.3 Inclusión de gráficos
Se pueden generar gráficos:
Los trozos de código pueden tener nombre y opciones, se establecen en la cabecera de la forma
```{r nombre, op1, op2}
(en el caso anterior no se muestra el código, al haber empleado ```{r, echo=FALSE}).
Para un listado de las opciones disponibles ver http://yihui.name/knitr/options.
En RStudio se puede pulsar en los iconos a la derecha del chunk para establecer opciones, ejecutar todo el código anterior o sólo el correspondiente trozo.
12.1.4 Inclusión de tablas
Las tablas en markdown son de la forma:
| First Header | Second Header |
| ------------- | ------------- |
| Row1 Cell1 | Row1 Cell2 |
| Row2 Cell1 | Row2 Cell2 |Por ejemplo:
| Variable | Descripción |
|---|---|
| mpg | Millas / galón (EE.UU.) |
| cyl | Número de cilindros |
| disp | Desplazamiento (pulgadas cúbicas) |
| hp | Caballos de fuerza bruta |
| drat | Relación del eje trasero |
| wt | Peso (miles de libras) |
| qsec | Tiempo de 1/4 de milla |
| vs | Cilindros en V/Straight (0 = cilindros en V, 1 = cilindros en línea) |
| am | Tipo de transmisión (0 = automático, 1 = manual) |
| gear | Número de marchas (hacia adelante) |
| carb | Número de carburadores |
Para convertir resultados de R en tablas de una forma simple se puede emplear la función kable del paquete knitr:
knitr::kable(
head(mtcars),
caption = "Una kable knitr"
)| mpg | cyl | disp | hp | drat | wt | qsec | vs | am | gear | carb | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mazda RX4 | 21.0 | 6 | 160 | 110 | 3.90 | 2.620 | 16.46 | 0 | 1 | 4 | 4 |
| Mazda RX4 Wag | 21.0 | 6 | 160 | 110 | 3.90 | 2.875 | 17.02 | 0 | 1 | 4 | 4 |
| Datsun 710 | 22.8 | 4 | 108 | 93 | 3.85 | 2.320 | 18.61 | 1 | 1 | 4 | 1 |
| Hornet 4 Drive | 21.4 | 6 | 258 | 110 | 3.08 | 3.215 | 19.44 | 1 | 0 | 3 | 1 |
| Hornet Sportabout | 18.7 | 8 | 360 | 175 | 3.15 | 3.440 | 17.02 | 0 | 0 | 3 | 2 |
| Valiant | 18.1 | 6 | 225 | 105 | 2.76 | 3.460 | 20.22 | 1 | 0 | 3 | 1 |
Otros paquetes proporcionan opciones adicionales: xtable, stargazer, pander, tables y ascii.
12.1.5 Extracción del código R
Para generar un fichero con el código R se puede emplear la función purl del paquete knitr. Por ejemplo:
purl("8-Informes.Rmd")Si se quiere además el texto rmarkdown como comentarios tipo spin, se puede emplear:
purl("8-Informes.Rmd", documentation = 2)